自利玛窦提出以上解释之后,在华传教的耶稣会修士都认同他的做法。他们这种对中国传统礼仪妥协的态度,得到康熙皇帝的赞赏,这也是他得到朝廷保护的关键所在。然而,继耶稣会之后来华传教的其它宗派中,有很多并不认同利玛窦所作的阐释,因而一方面在中国与耶稣会争辩,另一方面也去欧洲散布攻击耶稣会流言,尤其是屡次上书给教宗,要求就所谓「中国礼仪问题」作出裁决。当时的教宗先是按多明我会(Dominican)和方济格会(Franciscan)修士的告诉否决了耶稣会的作法(1645年),后来又接受耶稣会的申辩,认可了他们的作法(1656年)。但是,反对派却一直不服,不断抗争。耶稣会也努力维护自己的立场,并要求康熙作出裁定,康熙亦于1700年11月30日宣布了他对耶稣会的支持,并将敕文寄给教廷。结果,教廷却认为耶稣会让一位世俗君主裁定教会事务是很严重的错误,因而新教宗格勒门十一(Clement XI)于1704年11月20日正式发出谕令,禁止用「上帝」一词称呼造物主,禁止中国信徒祭祖祭孔。1705年,教宗特使多罗(Charles Millard de Tournon),要求康熙允许中国信徒遵守「禁约」。康熙先以礼相待,后来因对方态度顽固而发怒,将多罗驱逐出境,软禁在澳门的一处修道院里,直到病死在那里。
教宗又于1715年宣布谕令,再次强调中国信徒不可祭祖祭孔,不可用「上帝」一词,并再帕特使嘉乐(Jean Ambrose Charles Mezzabarba)来华,试图说服康熙。嘉乐于1720年11月25日抵达北京,康熙于12月2日召见,次日又设宴款待。12月17 日再次召见,明确答复他拒绝教宗谕令,并在教宗谕令上朱批说:「以后不必西洋人在中国行教,禁止可也,免得多事。」嘉乐遂被驱逐出境。